Die Hypothese von Jack ist, ob Computersimulationen die Wechselwirkung von kleinen Molekülen modellieren können, um katalytische Wechselwirkungen vorhersagen zu können und ob diese Art der Simulation vorher uncharakteristische Katalysatoren aus einer "Bibliothek" von Proteinstrukturen enthüllen können. Die Grundlage dieser Hypothese sind die benötigten Simulationen, um Enzym-Hemmstoffe zu identifizieren, wie bei FightAids@Home demonstriert wurde. Enzym-Wechselwirkungen zu finden ist jedoch sehr unterschiedlich.
Der plausibelste Weg, um diese Wechselwirkung zu modellieren, muß zwischen dem Übergangsstadium einer Reaktion und der aktiven Seite liegen, die auch während der Reaktion stört. Wie alle diese Wechselwirkungen modelliert werden können, ist noch ein Mysterium, das einen langen Weg bedeutet, bis das Projekt eine anschauliche Proteindatenbank darstellen kann.
